Khi chiến tranh kết thúc và bóng đá bắt đầu trở lại ở Tây Ban Nha, Bernabéu đã tìm thấy ở Real Madrid, với tất cả ý nghĩa và mục đích, một câu lạc bộ đã chết. Ban lãnh đạo cũ (một số đã bị giết hoặc biến mất trong chiến tranh) và thậm chí một số danh hiệu của câu lạc bộ từ những năm đầu của họ đã bị đánh cắp. Hơn nữa, tại thời điểm câu lạc bộ thành lập là Atlético Madrid (được đổi tên thành Atlético Aviación, đội của Không quân) và Real Madrid ban đầu không nhận được bất kỳ sự giúp đỡ nào của chính phủ trong việc xây dựng lại. Bernabéu đã tiến hành trong vài tháng tới để tìm kiếm và liên hệ với các cựu cầu thủ, giám đốc và thành viên câu lạc bộ, cuối cùng tái cấu trúc câu lạc bộ.

Năm 1943, sau khi người hâm mộ bạo lực sau chiến thắng của Real Madrid trước FC Barcelona, chính phủ đã áp dụng giải pháp solomonic, buộc Chủ tịch của cả hai câu lạc bộ phải từ chức, và Bernabéu được bầu làm Chủ tịch Real Madrid   - một vị trí ông sẽ nắm giữ cho đến khi chết vào ngày 2 tháng 6 năm 1978.

Thành công tuy nhiên đã không đến ngay lập tức. Câu lạc bộ vẫn còn trong tình trạng rất kém và các câu lạc bộ khác, chẳng hạn như Atlético đã nói ở trên, Barcelona và Athletic Bilbao có những đội rất mạnh.

Bernabéu bắt đầu thực hiện ý tưởng của mình. Ông tái cấu trúc câu lạc bộ ở tất cả các cấp, trong tương lai sẽ trở thành cấu trúc hoạt động bình thường của các câu lạc bộ chuyên nghiệp, đưa ra mọi bộ phận và cấp độ của các đội kỹ thuật độc lập của câu lạc bộ và tuyển dụng những người có tham vọng và có tầm nhìn theo cách riêng của họ, như Raimundo Saporta.

Sau đó, ông đã nỗ lực xây dựng những gì sẽ trở thành sân vận động mà ngày nay mang tên của ông, vào thời điểm sân vận động lớn nhất ở châu Âu, nó được nhận xét là"quá nhiều sân vận động cho một câu lạc bộ quá nhỏ". Công trình Ciudad Deportiva, được xây dựng để các cầu thủ có thể tập luyện mà không phá hủy sân của sân vận động, cũng được xây dựng trong những năm này. Cuối cùng, ông bắt tay vào một chiến lược đầy tham vọng là ký hợp đồng với những cầu thủ đẳng cấp thế giới từ nước ngoài, trong đó nổi bật nhất là việc ký hợp đồng với Alfredo Di Stéfano và xây dựng khía cạnh đa quốc gia thực sự đầu tiên trên thế giới. Trong nhiều nhiệm kỳ của chủ tịch Bernabéu là cái tên vĩ đại

nhất của Real Madrid đã chơi cho câu lạc bộ, trong đó có Molowny, Muñoz, Di Stéfano, Gento, Rial, Santamaria, Kopa, Puskás, Amancio, Pirri, Netzer, Santillana, Juanito, Camacho, del Bosque và nhiều hơn nữa.